Das Mittlere Reich hatte dem Ansturm der "Herrscher der Fremdländer", asiatische Fürsten, die man später Hyksos nannte, nichts entgegenzusetzen. Sechs Generationen (ca.1700 – 1550 v. Chr.) lang regierten am Nil fremdländische Könige in einer Stadt Auaris, mit einem Gott Baal. Trotz der Fremdherrschaft blieb jedoch die ägyptische Kultur unbeschadet und auch die alte Verwaltung blieb bestehen, da das Staatsgefüge der Hyksos keinen Zusammenhalt hatte. Im Gegenzug übernahmen die Ägypter militärische Errungenschaften von den Hyksos wie z.B. Pferd und Streitwagen oder Pfeile mit Metallspitzen. Vom oberägyptischen Theben ging die Rückeroberung gegen die Hyksos aus. Die dortige XVII. Dynastie war so mächtig geworden, daß sie um 1560 v. Chr. den offenen Krieg gegen die Hyksos wagen konnten. Die thebanischen Könige Sekenenre Ta-a II. und sein Nachfolger Kamose fielen im Krieg gegen den Hyksos-König Apophis III. Unter Ahmose gelang es dann Auaris einzunehmen. Nun wurde das Reich unter Ahmose nach Innen und Außen neu geordnet. Die fliehenden Hyksos wurden bis ins südliche Palästina hin verfolgt, im Süden wurden die rebellierenden Nubier besiegt. Im Inneren wurden Verwaltung, Recht und Königtum neu geordnet. Mit diesem Ereignis beginnt die Epoche des Neuen Reiches. Auf Nebpehtire Ahmose (Frühjahr 1552-Sommer 1527 v. Chr.) folgte sein Sohn Amenhotep I. als Herrscher.