Gegen Ende des 13. Regierungsjahres ernannte Echnaton einen gewissen Semenchkare ("der Ka des Re ist beständig") zum Mitregenten. Bemerkenswert ist der Bezug zu Re und nicht zu Aton. Der Pharao Echnaton hatte Semenchkare bereits ein Jahr zuvor mit seiner ältesten Tochter Meritaton verheiratet. Ein Grund für diesen seltsamen Schritt ist darin zu suchen, daß Echnaton keinen männlichen Nachkommen hatte. Der rätselhafte Semenchkare, der eine so zwielichte Rolle spielte, wird von manchen Ägyptologen als Sohn Amenhotep III. angesehen. Seine Tragik liegt darin , daß er als designierter Pharao nach wenigen Jahren gemeinsamer Regierung noch vor Echnaton starb. Er wurde kaum älter als 20 Jahre. Der Tod Semenchkares traf den Pharao schwer. Es gab kein Grab für den Mitregenten, also mußte dem Frühverschiedenen ein bereits eingerichtetes Grab samt Inventar zur Verfügung gestellt werden. Wahrscheinlich wurde Semenchkare im Sarkophag, der für Nofretete oder Meritaton bestimmt war, bestattet und Kanopengefäße, die für Meritaton gedacht waren, mußten in Eile für einen König mit königlichen Attributen versehen werden. Ob Semenchkare im Königsgrab von Amarna bestattet und später nach Theben überführt oder ob er gleich in Theben beigesetzt wurde, ist unbekannt. Fest steht, Semenchkare hatte noch mit dem Bau eines Totentempels in Theben begonnen, er war anscheinend kein Anhänger der reformatorischen Glaubenslehre. Meritaton hatte mit dem Tod ihres Mannes ihre Macht verloren.